長いブックマークレットを書く時は

Internet Explorer 6にはブックマークレットを508文字までしか受け付けない(しかもエラーにすらならず単に無視される)という問題があるようです。IE5.5(古い…)やIE7では大丈夫。

これを回避する方法として、外部に.jsファイルを起き、それを読み込むscriptタグをdocumentに追記すればOK。
例えば、以下のようなスクリプトをブックマーク登録すれば良い。URLは適当。

javascript:var s=document.createElement('script');
s.src='http://example.com/hoge.js';s.charset='UTF-8';
document.body.appendChild(s);void(0)

おまけに一行で書かなくても良くなり、編集やデバッグの手間も減るため、IE以外でもメリットがあります。
サーバ側で更新すれば、各ユーザ/各ブラウザごとにURLを登録し直す必要もなくなります。

欠点としては、Webサーバがいることと、そのWebサーバにrefererが送信されてしまうこと。
用途にもよりますが、単独で動くスクリプトを一般公開するには向かない方法かもしれない。

●参考:meta bookmarkletのひな形